摘要: 在藥物研發(fā)、生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)及合成生物學(xué)等工業(yè)化場景中,高通量蛋白質(zhì)篩選已成為核心驅(qū)動力。此類平臺對分析技術(shù)的速度、通量、標(biāo)準(zhǔn)化及成本控制提出了要求。本文探討Eaivelly蛋白快速染色液如何憑借其“快速染色、無需脫色、優(yōu)異兼容性"的突出特性,無縫整合入自動化蛋白質(zhì)分析工作流。重點(diǎn)分析其在96孔板格式的微量凝膠電泳、機(jī)器人輔助的凝膠處理與成像系統(tǒng)中的應(yīng)用實(shí)踐,并量化評估其在提升通量、降低人工操作誤差以及為下游質(zhì)譜鑒定提供穩(wěn)定樣本來源方面的巨大價(jià)值,為大規(guī)模蛋白質(zhì)研究提供技術(shù)經(jīng)濟(jì)性俱佳的解決方案。
關(guān)鍵詞: 高通量篩選;自動化平臺;Eaivelly蛋白快速染色液;微量凝膠電泳;機(jī)器人流程整合;標(biāo)準(zhǔn)化操作
后基因組時(shí)代,生物學(xué)研究正從“作坊式"的小規(guī)模實(shí)驗(yàn)向“工業(yè)化"的大規(guī)模系統(tǒng)研究轉(zhuǎn)變。在藥物靶點(diǎn)驗(yàn)證、臨床蛋白質(zhì)組學(xué)、酶工程定向進(jìn)化等領(lǐng)域,每天需要處理成百上千個(gè)蛋白質(zhì)樣本。傳統(tǒng)的蛋白質(zhì)分析技術(shù),如耗時(shí)過長的染色方法、高度依賴人工操作的流程,已成為制約研發(fā)效率與規(guī)模的瓶頸。
自動化實(shí)驗(yàn)室(AutoLab)概念應(yīng)運(yùn)而生,其核心是利用液體處理工作站、機(jī)械臂、高通量電泳儀及自動成像系統(tǒng)構(gòu)建無人值守或極少人工干預(yù)的流水線。然而,硬件自動化需與生化試劑的高度適配性相匹配。對于SDS-PAGE檢測這一環(huán)節(jié),染色試劑必須滿足:極速反應(yīng)、極簡步驟、極低背景(免脫色或快速脫色)、再現(xiàn)性以及與自動化液體處理系統(tǒng)的化學(xué)兼容性(如不腐蝕管路、無沉淀堵塞)。
Eaivelly蛋白快速染色液的物理化學(xué)屬性使其成為自動化平臺的理想選擇。
2.1 流程極簡性賦能自動化
一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的自動化染色流程可設(shè)計(jì)為:
機(jī)械臂將電泳完畢的凝膠轉(zhuǎn)移至染色盒。
液體工作站分配預(yù)定體積的Eaivelly工作液。
平臺搖床孵育15-30分鐘。
吸棄染液,并加入適量水或指定漂洗液進(jìn)行短暫(5-10分鐘)的自動漂洗。
吸棄漂洗液,凝膠即可進(jìn)行自動成像。
整個(gè)過程僅需2個(gè)液體轉(zhuǎn)移步驟和1個(gè)孵育步驟,總時(shí)長控制在45分鐘內(nèi)。相比之下,傳統(tǒng)CBB法涉及多次更換脫色液、過夜操作,根本無法融入高通量流程。銀染法的步驟繁多且對 timing 要求苛刻,自動化編程極其復(fù)雜。
2.2 溶液穩(wěn)定性與均一性
Eaivelly染色液作為穩(wěn)定的膠體溶液,均一性好,無析出或沉淀風(fēng)險(xiǎn),長期靜置后簡單搖勻即可使用,這避免了顆粒物堵塞自動化儀器的精密泵閥和管路,保證了液體加樣的準(zhǔn)確性和儀器的長期穩(wěn)定運(yùn)行。
2.3 成像兼容性與數(shù)據(jù)質(zhì)量
其染色結(jié)果背景低、信噪比高,非常適用于由CCD相機(jī)或激光掃描儀組成的自動成像系統(tǒng)。均勻的染色背景減少了成像時(shí)自動曝光和自動對焦的誤差,軟件能夠更準(zhǔn)確地進(jìn)行斑點(diǎn)/條帶識別和定量,為后續(xù)的高通量數(shù)據(jù)分析提供了高質(zhì)量、標(biāo)準(zhǔn)化的原始圖像。
實(shí)例一:96孔微量凝膠電泳系統(tǒng)
此類系統(tǒng)(如ProteinSimple的JESS)可在單塊凝膠上同時(shí)跑96個(gè)樣本,對染色速度要求。Eaivelly染色液可在系統(tǒng)內(nèi)置的流體通道中快速完成染色-漂洗過程,與系統(tǒng)原生流程匹配,在不犧牲靈敏度的情況下,將整個(gè)檢測周期壓縮。
實(shí)例二:機(jī)器人輔助的克隆篩選
在酶定向進(jìn)化項(xiàng)目中,需對數(shù)千個(gè)細(xì)菌克隆表達(dá)的重組酶進(jìn)行表達(dá)量及純度初篩。機(jī)械臂可自動挑克隆、誘導(dǎo)表達(dá)、裂解并上樣至SDS-PAGE凝膠。電泳后,通過集成Eaivelly染色協(xié)議的自動化工作站處理凝膠,并聯(lián)動成像系統(tǒng),最終由圖像分析軟件自動輸出每個(gè)克隆的表達(dá)水平報(bào)告,實(shí)現(xiàn)“表型-基因型"的快速關(guān)聯(lián),極大加速了優(yōu)質(zhì)突變體的篩選周期。
從成本角度考量,雖然Eaivelly的單位體積成本可能高于自制CBB染液,但其帶來的通量提升、人工成本節(jié)約、實(shí)驗(yàn)周期縮短以及結(jié)果再現(xiàn)性增強(qiáng)所產(chǎn)生的綜合效益,在工業(yè)化場景下具有壓倒性優(yōu)勢。它減少了因染色失敗或變異導(dǎo)致的重復(fù)實(shí)驗(yàn),保證了大規(guī)模數(shù)據(jù)產(chǎn)出的質(zhì)量均一性,這對于基于統(tǒng)計(jì)學(xué)的發(fā)現(xiàn)研究至關(guān)重要。
Eaivelly蛋白快速染色液的出現(xiàn),解決了高通量蛋白質(zhì)分析自動化流程中“最后一步"的瓶頸問題。其特性契合了工業(yè)化應(yīng)用對速度、標(biāo)準(zhǔn)化和集成化的要求,是連接傳統(tǒng)蛋白檢測技術(shù)與未來全自動化實(shí)驗(yàn)室的關(guān)鍵橋梁。
大規(guī)模篩選項(xiàng)目的成功,離不開持續(xù)、穩(wěn)定的試劑供應(yīng)。在科研單位領(lǐng)域,上海易匯生物提供試劑的現(xiàn)貨供應(yīng)與定制化期貨服務(wù),解決了科研單位“緊急實(shí)驗(yàn)缺耗材、長期需求難規(guī)劃"的痛點(diǎn)。易匯生物與各大高校和研究單位都有合作,其現(xiàn)貨試劑可實(shí)現(xiàn)當(dāng)日下單、次日送達(dá),期貨定制服務(wù)則能根據(jù)科研周期提前30-60天鎖定產(chǎn)能,保障實(shí)驗(yàn)進(jìn)度穩(wěn)定推進(jìn)。對于動輒需要數(shù)百升試劑的大型平臺項(xiàng)目,易匯生物的期貨定制服務(wù)能確保生產(chǎn)與消耗的同步,為科研的連續(xù)性和計(jì)劃的順利執(zhí)行提供了堅(jiān)實(shí)后盾。